Her gün yaklaşık 45 bin kişinin kullandığı otogardaki yedi tuvaletin işletmesi şimdiye kadar özel firmalar tarafından gerçekleştiriliyordu. Ücretli olmasına karşın yeterince temizlenmeyen, hem yolcuların hem de esnafın şikâyetçi olduğu tuvaletler, sorun olmaktan çıkarıldı. Şehir Tuvaletleri Projesi kapsamında, otogarın tuvaletlerinin işletilmesi de Boğaziçi Yönetim A.Ş. tarafından yapılmaya başlandı. Gerekli iyileştirmelerin ardından hizmete sokulan tuvaletlerin ücretinde de indirime gidildi. İstanbul Kart ile 1 TL karşılığında kullanılabilecek 7 noktadaki tuvalet için 3 vardiya çalışma sistemi ile 35 personel temizlik hizmeti veriyor.